Ο ναός είναι κατάγραφος με τοιχογραφίες οι οποίες, σύμφωνα με την επιγραφή που προαναφέρθηκε, έγιναν στα 1645 με τη χορηγία του Πάνου Παπαδημητρίου και είναι έργα του ζωγράφου Δημήτριου και του γιου του Ιωάννη Σκούταρι, οι οποίοι κατάγονταν από το Χωριό Γράμμοστα, σήμερα Γράμμο του νομού Καστοριάς. Από το Γράμμο κατάγονται δύο τουλάχιστον οικογενειακά συνεργεία ζωγράφων, τα οποία δρουν στην περιοχή της Ηπείρου κατά τη διάρκεια του 17ου αιώνα και η τέχνη τους ουσιαστικά συνεχίζει την προγενέστερη ζωγραφική παράδοση των Βαλκανίων, με αρκετές ωστόσο επιδράσεις και από τα μεγάλα καλλιτεχνικά ρεύματα του 16ου αιώνα.
Το εικονογραφικό πρόγραμμα, η διάταξη των θεμάτων, στο ναό των Αγίων Αποστόλων ακολουθεί σε γενικές γραμμές δεδομένα σχήματα, γνωστά ήδη από την παλαιότερη βυζαντινή περίοδο, τα οποία διατηρούνται σχεδόν αναλλοίωτα και καθ' όλη τη διάρκεια των αιώνων της Οθωμανικής κατάκτησης. Έτσι στην αψίδα του Ιερού εικονίζεται η ένθρονη Βρεφοκρατούσα Θεοτόκος την οποία συνοδεύουν δύο αρχάγγελοι.
Χαμηλότερα εικονίζεται η παράσταση της Κοινωνίας των Αποστόλων, θέμα που αποτελεί συμβολική και αφαιρετική παράσταση του Μυστικού Δείπνου και σχετίζεται άμεσα με το μυστήριο της Θείας Ευχαριστίας που τελείται στο χώρο του Ιερού. Με τη λειτουργία του χώρου ως Ιερό Θυσιαστήριο συνδέεται και η παράσταση του Μελισμού, στην αμέσως χαμηλότερη ζώνη. ο Χριστός, ως Θυόμενος Άρτος, εικονίζεται μέσα σε δισκοπότηρο, περιβαλλόμενος από αγγελικές δυνάμεις αλλά και από τους σημαντικότερους Ιεράρχες της Εκκλησίας, οι οποίοι, ως συλλειτουργούντες με τον εκάστοτε Ιερέα, στρέφουν προς τον Μελιζόμενο Χριστό. Με τη Θεία Λειτουργία συνδέεται και η συμβολική παράσταση της Άκρας Ταπείνωσης-Αποκαθήλωσης που εικονίζεται στη Πρόθεση.
Γενικότερα το εικονογραφικό πρόγραμμα του Ιερού περιλαμβάνει αρκετές πρωτότυπες και ενδιαφέρουσες σκηνές. Έτσι, στην αψίδα συναντάται η ιδιαίτερα σπάνια απεικόνιση του Τριαδικού Θεού, με τη μορφή τριπρόσωπης κεφαλής του Χριστού ενώ στο χώρο της Πρόθεσης η εικονογραφική απόδοση του Στιχηρού (Ύμνου) των Χριστουγέννων με ομάδες αγγέλων και ανθρώπων να καταθέτουν προσφορές στην Βρεφοκρατούσα Θεοτόκο. Στο Διακονικό εικονογραφείται το θέμα της Παναγίας Ζωοδόχου Πηγής που πλαισιώνεται από τους σημαντικούς υμνογράφους Ιωάννη Δαμασκηνό και Κοσμά το Μελωδό, ενώ στον ίδιο χώρο αναπτύσσονται οι μεγάλης κλίμακας συνθέσεις της Κοίμησης του Εφραίμ του Σύρου καθώς και η Ρίζα Ιεσσαί, δηλαδή το γενεαλογικό δένδρο της Παναγίας και του Χριστού, στη βάση του οποίου εικονίζεται σειρά αρχαίων Ελλήνων σοφών. Το πρόγραμμα του Ιερού συμπληρώνουν σκηνές από το βίο και τη διδασκαλία του Χριστού καθώς και η εικονογραφική απόδοση των 24 οίκων του Ακαθίστου Ύμνου.
Στον κυρίως ναό κυριαρχεί η μορφή του Χριστού Παντοκράτορα στο κέντρο του τρούλου. Στις γνωστές τους θέσεις, στα σφαιρικά τρίγωνα που στηρίζουν τον τρούλο εικονίζονται οι τέσσερις Ευαγγελιστές, ενώ την κορφή της βόρειας και της νότιας καμάρας καταλαμβάνει ο Χριστός με νεανικά χαρακτηριστικά, ως Εμμανουήλ και με αρχιερατικά άμφια, ως Μεγάλος Αρχιερέας. Στα υπόλοιπα τμήματα των καμαρών και στα ανώτερα τμήματα των πλάγιων τοίχων αναπτύσσονται παραστάσεις από το βίο, τη διδασκαλία, τα θαύματα και τα πάθη του Χριστού καθώς και από το βίο της Παναγίας. Στο δυτικό τοίχο του ναού κυριαρχεί λόγω του μνημειακού της χαρακτήρα η εντυπωσιακή παράσταση της Κοίμησης της Θεοτόκου ενώ χαμηλότερα συναντάται η κτητορική παράσταση με τις μορφές των δύο αφιερωτών Πάνου Αρσενίου και Πάνου Παπαδημητρίου, που αναφέρθηκε και παραπάνω.
Μορφές ολόσωμων αγίων και αγίων σε μετάλλια εικονίζονται σε δύο ζώνες, στα χαμηλότερα τμήματα των τοίχων καθώς και στις πλευρές των πεσσών που στηρίζουν τον τρούλο. Ξεχωρίζει η μνημειακή παράσταση του Ασπασμού των κορυφαίων αποστόλων Πέτρου και Παύλου, στους οποίους είναι αφιερωμένος ο ναός.
Το τέμπλο του ναού είναι νεώτερο, με εξαίρεση τα βημόθυρα, που χρονολογούνται στον 17ο αιώνα καθώς και κάποιες από τις δεσποτικές εικόνες, όπως αυτή του ένθρονου Χριστού που περιβάλλεται από ολόσωμους αποστόλους και αυτή του Αγίου Αθανασίου με σκηνές του βίου του. Οι υπόλοιπες εικόνες του τέμπλου είναι έργα του 19ου αιώνα. Αξιόλογη, πιθανώς του 17ου αιώνα, αλλά με νεώτερες επιζωγραφήσεις είναι και η εικόνα των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου στο προσκυνητάριο του ναού.
